Die Eisenbahngesellschaft Potsdam ist ein vom TÜV Nord zertifizierter Entsorgungsfachbetrieb nach EfbV. Mit dem Erwerb der Zertifizierung ist die EGP zum Einsammeln und Befördern von gefährlichen und nicht gefährlichen Abfallarten berechtigt und kann somit ohne zusätzliche Transportgenehmigungen Abfälle wie z.B. Sondermüll, Laborchemikalien, Produktionsabfälle oder auch kontaminierten Altschotter transportieren.

Die Abwicklung dieser Transporte wird über das Portal ZEDAL realisiert, innerhalb dessen die gesamte Transportkette vom Absender bis zum Entsorger digital abgebildet ist. Damit wird die Einhaltung der elektronischen Nachweisführung durch die EGP gewährleistet.